Деятельность Архитектурной мастерской Трофимовых началась в октябре 1989 года.
Изменения правовых форм не касались главного – семейной основы мастерской. Два родственных поколения архитекторов, окружая себя единомышленниками, всегда создавали уникальную творческую атмосферу. Метод работы мастерской универсален. Решая любую архитектурную задачу, она проектирует не стены или поверхности, а пространство для жизни. При таком подходе исходные средства носят вторичный характер, не ограничивая разнообразия тем.
В 1990 году на площади Мужества начал строиться первый в городе жилой дом с подземным гаражом и оранжереями на кровлях. В 1996 в Озерках появился торговый центр, проект которого был показан на профессиональной выставке в Париже. В 2003 на пр.Мориса Тореза построен дом с динамической скульптурой-флюгером. С 2000 года мастерская занимается музейной темой. В Старой деревне нами запроектировано эрмитажное Фондохранилище – квартал корпусов с уникальной технологией хранения, реставрации и показа экспонатов. В этом комплексе последовательно воплотился собственный подход к проектированию, когда не имеющая аналогов функция облекается нетрадиционными пространством и декоративными приёмами. В общем архитектурном решении равноценными элементами стали и интерьеры, зрительно связанные с ландшафтом внутреннего двора (последний был отмечен золотым дипломом фестиваля «Зодчество»).
Разнообразие архитектурных и географических пристрастий мастерской проявилось в проектах музейного центра в Тюмени и жилого комплекса в Сочи, в интерьерах конгрессно-выставочного центра «Экспофорум» и ландшафте проекта «мини-город» в Александровском парке.